फाइलोटैक्सिस पौधे पर पत्तियों, बीजों या पुष्पिकाओं की व्यवस्था को कहते हैं। हर नई पत्ती या बीज पिछली से स्वर्ण कोण पर रखा जाता है। इससे प्रत्येक तत्व को धूप और वर्षा का अधिकतम लाभ मिलता है, और बीज बिना एक-दूसरे पर चढ़े जितना संभव हो उतने घने रूप में व्यवस्थित हो जाते हैं। सूरजमुखी, चीड़-शंकु और अनानास में दिखने वाली सर्पिलें हमेशा क्रमागत फिबोनाची संख्याओं में होती हैं—यह स्वर्ण कोण का सीधा परिणाम है।
दा विंची ने पौधों में सर्पिल पत्ती-विन्यास को देखा और चित्रित भी किया, और उसकी सुंदरता तथा नियमितता पर ध्यान दिया। लेकिन स्वर्ण कोण के माध्यम से उसकी गणितीय व्याख्या बहुत बाद में आई। phyllotaxis शब्द 1754 में गढ़ा गया, और स्वर्ण अनुपात से इसका संबंध 19वीं सदी में ब्रावे भाइयों सहित कई शोधकर्ताओं ने स्थापित किया।
स्वर्ण कोण ≈ 137.508° पूरे घूर्णन (360°) को स्वर्ण अनुपात में बाँटता है: बड़ा भाग 360/phi ≈ 222.5° और छोटा भाग 360/phi^2 ≈ 137.5° होता है। पौधे पत्तियों और बीजों को इसी कोण पर सजाते हैं ताकि प्रकाश, स्थान और पैकिंग अधिकतम हो। इससे बनने वाली सर्पिलों में हमेशा क्रमागत फिबोनाची गिनतियाँ मिलती हैं: सूरजमुखी में अक्सर 34 और 55, या 55 और 89 सर्पिलें दिखाई देती हैं। यह कुशल पैकिंग स्वर्ण कोण की अत्यधिक अपरिमेयता का सीधा परिणाम है।